Több, mint 15 millió év üledékei és vulkáni képződményei hiányoznak a Kiskőről. Valószínűleg ezek kialakultak, de a bazaltvulkanizmust megelőző szárazföldi szakaszban az erózió áldozatai lettek. A bazaltvulkanizmus 2,4 millió éve zajlott le több szakaszban. Első szakaszban a kirobbant kürtőn keresztül bazalttufa kerület a felszínre, ebből a kürtőkörül egy tufasánc alakulhatott ki. A második szakaszban a központi kürtőn keresztül egyre nagyobb méretű, ún. bombák és tömbök kerültek a felszínre, ezek a jelenlegi csúcs anyagát alkotják. A vulkáni működés utolsó szakaszában ezt egy bazalttelér törte át.